下属部门：运管中心办公室、工程技术部、船舶运维部。
工作职责：负责编制海洋科学综合考察能力发展规划；负责中国科学院海洋科学考察船队的建设与运行；规范管理船舶、探测实验装备、码头、岸基支撑平台和技术队伍；组织协调大科学工程建设和装置运行；统筹科学考察航次的执行和数据样品汇交工作、科学考察船队的信息宣传和国际交流与合作。负责保障船舶、探测实验装备科学、有效运行。
挂靠机构：大科学装置办公室、海洋环境工程中心
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